Пастеров завод у Нишу је, после вишегодишњих напора бројних ентузијаста, свечано отворен 7. јуна 1900. године као прва превентивна здравствена установа у нашој земљи. За малу, неразвијену и сиромашну земљу каква је Краљевина Србија у то време била, у којој је преко 80% становништва било неписмено, оснивање Пастеровог завода представљало је храбар и визионарски корак земље ка развоју модерне здравствене заштите и подизању нивоа здравствене културе народа.
Оснивањем и почетком рада Пастеровог завода постигнути су основни циљеви као што су: прекид увоза анималне лимфе уз укључивање домаћих стручњака у изради анималне лимфе и лечењу уједених од бесних животиња коришћењем вакцине произведене у домаћим условима.
Током исте 1900. године домаћом лимфом је против богиња било пелцовано 11.540 регрута. Први антирабично лечени болесник био је војник те се може рећи да су прве вакцине произведене у Пастеровом заводу биле коришћене за потребе војног санитета. Крајем исте године у Ниш су стигли ради лечења и први цивилни болесници уједени од бесног вука.
Пастеров завод у Нишу званично је 01. 01. 1901. године отпочео своју редовну делатност у оквиру функција које су му према наменама дате. За првог управника постављен је др Драгутин Петковић.
Убрзо рад стручњака на заводу постаје рутински и бележе се први резултати: у току 1901. године по статистичком годишњаку Краљевине Србије од беснила је лечено 236 а умрло троје људи, што се по проценту успешности лецења поклапа са резултатима рада тада познатих медицинских центара у Европи.
Већ 1904. године долази до проширења делатности Пастеровог завода: 1. априла 1904. г. поцело је са радом бактериолошко одељење; 20. априла 1904. г. отворено је и дезинфекционо одељење и одржан први курс за дезинфекторе у Србији.
У периоду до почетка првог светског рата центарално место у раду Пастеровог завода у Нишу заузимала је производња вакцине против беснила и лечење лица угрожених од ове болести, производња анималне лимфе и сузбијање великих богиња као и бактерилошко-хигијенски и хемијски рад.
Подаци о богатој активности Пастеровог завода у Нишу из овог периода углавном су штури јер је највећи део архиве Пастеровог завода уништен у ратним годинама од стране окупатора.
Ослободење је Пастеров завод у Нишу дочекао опљачкан без свега што је за стручни рад било потребно, са народом у коме су поново харале већ готово искорењене заразне болести. Упркос тим недацама Пастеров завод врло брзо креће са интензивним стручним радом, те развија и сопствену методу за лечење беснила која је у стручном свету била позната по имену тадашњег управника др Герасима Аливизатоса.
Пастеров завод у Нишу 14. октобра 1923. године прераста у Епидемиолошки завод те бива пример и другим срединама у земљи где ничу сличне установе. У том послератном периоду централне активности биле су усмерене на заштиту становништва од беснила, што је изискивало даљу производњу вакцине као и изградњу стационарног смештаја где је за време куре убризгавања вакцине против беснила могло да буде примљено 150 болесника. Поред овога, у тадашњем заводу се интензивно радило и на проучавању и сузбијању оних заразних болести које су се цесто јављале у то доба у нашој земљи (производња антитифусне и анти дизентеричне вакцине). У том смислу завод је располагао и опремом којом је омогућавала врло квалитетан теренски рад.
Већ 1926. године иста установа постаје и први Хигијенски завод у земљи. У годинама које су следиле Хигијенски завод посебну пажњу поклања поправљању хигијенских прилика уопште а нарочито у сеоским срединама. Ради побољшања хигијенских и здравствених прилика на територији коју покрива, завод креће са оснивањем нових установа: школске поликлинике са купатилима, народна купатила, кожно-венеричне амбуланте, бактериолошке станице, амбуланте и друге социјално-медицинске установе.
Хигијенски завод је тридесетих година имао више одељења: бактериолошко-серолошко, антирабично, хемијско, санитарно-техничко и одељење за медицинску статистику из кога ће потећи сва даља социјално-медицинска делатност.
Непосредно пред почетак Другог светског рата завод има и одељења за здравствену заштиту матера и деце, за здравствену заштиту школске деце и за сузбијање кожних и венеричних обољења, а подредени су му и сви домови народног здравља, антитуберкулозни диспанзер, амбуланте и др. социјално-медицинске установе.
О квалитету рада Хигијенског завода у Нишу између два светска рата најбоље говоре подаци о посетама бројних здравствених радника из читавог света заводу. То су углавном били лекари стипендисти Лиге народа, Рокфелерове фондације или Светске здравстене организације. Њихов боравак у Хигијенском заводу у Нишу имао је за циљ упознавање са организацијом и радом наше здравствене службе која је била узор у светским размерама.
По завршетку Другог светског рата Хигијенски завод у Нишу се као и остале сличне установе у земљи нашао у тешкој ситуацији без стручног кадра, без основне опреме и средстава за рад у окружењу где су владале бројне заразне болести (пегави тифус, туберкулоза, трбушни тифус и др.). Завод је тада функционисао са шест одељења: бактериолошко-епидемиолошко, социјално-медицинско, санитетско- техничко, хемијско, одељење за за заштиту школске деце и одељење за сузбијање туберкулозе. Крупне промене које су захватиле цело друштво по окончању Другог светског рата имале су своје реперкусије и на Хигијенски завод у Нишу, при чему се мисли на промену друштвеног система, прелазак на самостално финансирање као и на самоуправљање у здравственој заштити.
Велика улога завода у послератном периоду огледа се и у оснивању средње медицинске школе у Нишу, а од оснивања Медицинског факултета 1960. године постаје његова најважнија наставна база. Оснивање факултета дало је нови полет овој значајној установи како у кадровском тако и у стручном смислу. Према закону о здравственој заштити и здравственој служби Народне Републике Србије од 23. јуна 1961. године Хигијенски завод у Нишу, као и сви остали хигијенски заводи у земљи који су под тим називом функционисали од 1926. године, прераста у Завод за здравствену заштиту. У наредном периоду Завод проширује своје епидемиолошке, хемијске, микробиолошке, вирусолошке, паразитолошке, санитарно-техничке, статистичко-извештајне и социјално-медицинске активности.
Право оснивача Завода 1965. годне прелази на Медицински факултет у Нишу.
По први пут 1965. године у Заводу су одржани ''Дани превентивне медицине'', јединствени стручно-научни састанак који се одржава до данашњих дана.
Године 1971. Завод је подељен у две самосталне установе: Институт за хигијену, епидемиологију и микробиологију и Институт за социјалну медицину.
Већ 1977. године сви ови самостални делови су поново обједињени у Завод за здравствену заштиту.
Законом о здравственој заштити СР Србије из 1979. године Завод за здравствену заштиту прераста у Завод за заштиту здравља у Нишу.
Од 1984. године Завод за заштиту здравља у Нишу по новом статуту функционише као ''самостална и самоуправна организована здравствена радна организација радника повезаних заједничким интересима у јединственом процесу рада...фирма радне организације је СОУР Клинички центар Ниш-РО Завода за заштиту здравља Ниш...''.
Своју делатност Завод тих година обавља преко својих пет сектора: Сектора за социјалну медицину, Сектора за епидемиологију, Сектора за микробиологију са паразитологијом, Сектора за хигијену и заштиту животне и радне средине и Службе за заједничке послове.
Деведесете године двадесетог века и друштвени потреси које су са собом носиле отежале су али не и зауставиле активности ове реномиране установе која је одлуком Владе Србије од 10. 02. 1998. године прерасла у Институт за заштиту здравља у Нишу.
У Институту за заштиту здравља од 2003. године постоји и Сектор за промоцију здравља чиме је и здравствено-васпитни рад који ова установа спроводи успешно од свог оснивања добио форму која омогућава модеран приступ и унапредење ових активности на задовољство првенствено становника Нишавског и Топличког округа.
После 105 година рада не могу се пренебрегнути сви успеси Пастеровог завода односно Института за заштиту здравља у Нишу на оцувању и унапредењу здравља становништва. Ова установа је својим истрајним, стручним и квалитетним радом потпуно оправдала разлоге за своје једновековно постојање.
Крајем 2006. године (27.12.2006.) Институт за заштиту здравља Ниш мења назив у Институт за јавно здравље Ниш.