Vizija Instituta za javno zdravlje Niš je da u Republici Srbiji bude jedan od lidera u kreiranju i sporovođenju javno-zdravstvenih politika i stožer oko koga će se okupljati svi akteri u oblasti javnog zdravlja na novou lokalnih zajednica Nišavskog, Topličkog okruga ali i čitavog regiona Jugoistočne Srbije. Institut za javno zdravlje Niš istovremeno nastoji da bude primer dobre prakse na polju umrežavanja sa nacionalnim i internacionalnim kreatorima i nosiocima javno zdravstvenih inicijativa.