Pasterov zavod u Nišu je, posle višegodišnjih napora brojnih entuzijasta, svečano otvoren 7. juna 1900. godine kao prva preventivna zdravstvena ustanova u našoj zemlji. Za malu, nerazvijenu i siromašnu zemlju kakva je Kraljevina Srbija u to vreme bila, u kojoj je preko 80% stanovništva bilo nepismeno, osnivanje Pasterovog zavoda predstavljalo je hrabar i vizionarski korak zemlje ka razvoju moderne zdravstvene zaštite i podizanju nivoa zdravstvene kulture naroda.

Osnivanjem i početkom rada Pasterovog zavoda postignuti su osnovni ciljevi kao što su: prekid uvoza animalne limfe uz uključivanje domaćih stručnjaka u izradi animalne limfe i lečenju ujedenih od besnih životinja korišćenjem vakcine proizvedene u domaćim uslovima.

Tokom iste 1900. godine domaćom limfom je protiv boginja bilo pelcovano 11.540 regruta. Prvi antirabično lečeni bolesnik bio je vojnik te se može reći da su prve vakcine proizvedene u Pasterovom zavodu bile korišćene za potrebe vojnog saniteta. Krajem iste godine u Niš su stigli radi lečenja i prvi civilni bolesnici ujedeni od besnog vuka.

Pasterov zavod u Nišu zvanično je 01. 01. 1901. godine otpočeo svoju redovnu delatnost u okviru funkcija koje su mu prema namenama date. Za prvog upravnika postavljen je dr Dragutin Petković.

Ubrzo rad stručnjaka na zavodu postaje rutinski i beleže se prvi rezultati: u toku 1901. godine po statističkom godišnjaku Kraljevine Srbije od besnila je lečeno 236 a umrlo troje ljudi, što se po procentu uspešnosti lecenja poklapa sa rezultatima rada tada poznatih medicinskih centara u Evropi.

Već 1904. godine dolazi do proširenja delatnosti Pasterovog zavoda: 1. aprila 1904. g. pocelo je sa radom bakteriološko odeljenje; 20. aprila 1904. g. otvoreno je i dezinfekciono odeljenje i održan prvi kurs za dezinfektore u Srbiji.

U periodu do početka prvog svetskog rata centaralno mesto u radu Pasterovog zavoda u Nišu zauzimala je proizvodnja vakcine protiv besnila i lečenje lica ugroženih od ove bolesti, proizvodnja animalne limfe i suzbijanje velikih boginja kao i bakteriloško-higijenski i hemijski rad.

Podaci o bogatoj aktivnosti Pasterovog zavoda u Nišu iz ovog perioda uglavnom su šturi jer je najveći deo arhive Pasterovog zavoda uništen u ratnim godinama od strane okupatora.

Oslobodenje je Pasterov zavod u Nišu dočekao opljačkan bez svega što je za stručni rad bilo potrebno, sa narodom u kome su ponovo harale već gotovo iskorenjene zarazne bolesti. Uprkos tim nedacama Pasterov zavod vrlo brzo kreće sa intenzivnim stručnim radom, te razvija i sopstvenu metodu za lečenje besnila koja je u stručnom svetu bila poznata po imenu tadašnjeg upravnika dr Gerasima Alivizatosa.

Pasterov zavod u Nišu 14. oktobra 1923. godine prerasta u Epidemiološki zavod te biva primer i drugim sredinama u zemlji gde niču slične ustanove. U tom posleratnom periodu centralne aktivnosti bile su usmerene na zaštitu stanovništva od besnila, što je iziskivalo dalju proizvodnju vakcine kao i izgradnju stacionarnog smeštaja gde je za vreme kure ubrizgavanja vakcine protiv besnila moglo da bude primljeno 150 bolesnika. Pored ovoga, u tadašnjem zavodu se intenzivno radilo i na proučavanju i suzbijanju onih zaraznih bolesti koje su se cesto javljale u to doba u našoj zemlji (proizvodnja antitifusne i anti dizenterične vakcine). U tom smislu zavod je raspolagao i opremom kojom je omogućavala vrlo kvalitetan terenski rad.

Već 1926. godine ista ustanova postaje i prvi Higijenski zavod u zemlji. U godinama koje su sledile Higijenski zavod posebnu pažnju poklanja popravljanju higijenskih prilika uopšte a naročito u seoskim sredinama. Radi poboljšanja higijenskih i zdravstvenih prilika na teritoriji koju pokriva, zavod kreće sa osnivanjem novih ustanova: školske poliklinike sa kupatilima, narodna kupatila, kožno-venerične ambulante, bakteriološke stanice, ambulante i druge socijalno-medicinske ustanove.

Higijenski zavod je tridesetih godina imao više odeljenja: bakteriološko-serološko, antirabično, hemijsko, sanitarno-tehničko i odeljenje za medicinsku statistiku iz koga će poteći sva dalja socijalno-medicinska delatnost.

Neposredno pred početak Drugog svetskog rata zavod ima i odeljenja za zdravstvenu zaštitu matera i dece, za zdravstvenu zaštitu školske dece i za suzbijanje kožnih i veneričnih oboljenja, a podredeni su mu i svi domovi narodnog zdravlja, antituberkulozni dispanzer, ambulante i dr. socijalno-medicinske ustanove.

O kvalitetu rada Higijenskog zavoda u Nišu između dva svetska rata najbolje govore podaci o posetama brojnih zdravstvenih radnika iz čitavog sveta zavodu. To su uglavnom bili lekari stipendisti Lige naroda, Rokfelerove fondacije ili Svetske zdravstene organizacije. Njihov boravak u Higijenskom zavodu u Nišu imao je za cilj upoznavanje sa organizacijom i radom naše zdravstvene službe koja je bila uzor u svetskim razmerama.

Po završetku Drugog svetskog rata Higijenski zavod u Nišu se kao i ostale slične ustanove u zemlji našao u teškoj situaciji bez stručnog kadra, bez osnovne opreme i sredstava za rad u okruženju gde su vladale brojne zarazne bolesti (pegavi tifus, tuberkuloza, trbušni tifus i dr.). 

Zavod je tada funkcionisao sa šest odeljenja:

bakteriološko-epidemiološko, socijalno-medicinsko, sanitetsko- tehničko, hemijsko, odeljenje za za zaštitu školske dece i odeljenje za suzbijanje tuberkuloze. Krupne promene koje su zahvatile celo društvo po okončanju Drugog svetskog rata imale su svoje reperkusije i na Higijenski zavod u Nišu, pri čemu se misli na promenu društvenog sistema, prelazak na samostalno finansiranje kao i na samoupravljanje u zdravstvenoj zaštiti.

Velika uloga zavoda u posleratnom periodu ogleda se i u osnivanju srednje medicinske škole u Nišu, a od osnivanja Medicinskog fakulteta 1960. godine postaje njegova najvažnija nastavna baza. Osnivanje fakulteta dalo je novi polet ovoj značajnoj ustanovi kako u kadrovskom tako i u stručnom smislu. Prema zakonu o zdravstvenoj zaštiti i zdravstvenoj službi Narodne Republike Srbije od 23. juna 1961. godine Higijenski zavod u Nišu, kao i svi ostali higijenski zavodi u zemlji koji su pod tim nazivom funkcionisali od 1926. godine, prerasta u Zavod za zdravstvenu zaštitu. U narednom periodu Zavod proširuje svoje epidemiološke, hemijske, mikrobiološke, virusološke, parazitološke, sanitarno-tehničke, statističko-izveštajne i socijalno-medicinske aktivnosti.
Pravo osnivača Zavoda 1965. godne prelazi na Medicinski fakultet u Nišu.

Po prvi put 1965. godine u Zavodu su održani “Dani preventivne medicine“, jedinstveni stručno-naučni sastanak koji se održava do današnjih dana.

Godine 1971. Zavod je podeljen u dve samostalne ustanove: Institut za higijenu, epidemiologiju i mikrobiologiju i Institut za socijalnu medicinu.

Već 1977. godine svi ovi samostalni delovi su ponovo objedinjeni u Zavod za zdravstvenu zaštitu.

Zakonom o zdravstvenoj zaštiti SR Srbije iz 1979. godine Zavod za zdravstvenu zaštitu prerasta u Zavod za zaštitu zdravlja u Nišu.

Od 1984. godine Zavod za zaštitu zdravlja u Nišu po novom statutu funkcioniše kao “samostalna i samoupravna organizovana zdravstvena radna organizacija radnika povezanih zajedničkim interesima u jedinstvenom procesu rada…firma radne organizacije je SOUR Klinički centar Niš-RO Zavoda za zaštitu zdravlja Niš…“.

Svoju delatnost Zavod tih godina obavlja preko svojih pet sektora: Sektora za socijalnu medicinu, Sektora za epidemiologiju, Sektora za mikrobiologiju sa parazitologijom, Sektora za higijenu i zaštitu životne i radne sredine i Službe za zajedničke poslove.

Devedesete godine dvadesetog veka i društveni potresi koje su sa sobom nosile otežale su ali ne i zaustavile aktivnosti ove renomirane ustanove koja je odlukom Vlade Srbije od 10. 02. 1998. godine prerasla u Institut za zaštitu zdravlja u Nišu.

U Institutu za zaštitu zdravlja od 2003. godine postoji i Sektor za promociju zdravlja čime je i zdravstveno-vaspitni rad koji ova ustanova sprovodi uspešno od svog osnivanja dobio formu koja omogućava moderan pristup i unapredenje ovih aktivnosti na zadovoljstvo prvenstveno stanovnika Nišavskog i Topličkog okruga.

Posle 105 godina rada ne mogu se prenebregnuti svi uspesi Pasterovog zavoda odnosno Instituta za zaštitu zdravlja u Nišu na ocuvanju i unapredenju zdravlja stanovništva. Ova ustanova je svojim istrajnim, stručnim i kvalitetnim radom potpuno opravdala razloge za svoje jednovekovno postojanje.

Krajem 2006. godine (27.12.2006.) Institut za zaštitu zdravlja Niš menja naziv u Institut za javno zdravlje Niš.